Karaci\u011fer kanserinin klinik prognozu ve anahtar patojenik genlerin taranmas\u0131na dayal\u0131 geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 ile hedefe y\u00f6nelik tedavi \u00fczerine biyoinformatik \u00e7al\u0131\u015fma
\nPrimer karaci\u011fer kanseri d\u00fcnya \u00e7ap\u0131nda kansere ba\u011fl\u0131 \u00f6l\u00fcmlerin \u00fc\u00e7\u00fcnc\u00fc \u00f6nde gelen nedenidir ve hepatosell\u00fcler karsinom (HCC) primer karaci\u011fer kanserinin en yayg\u0131n t\u00fcr\u00fcd\u00fcr. Risk fakt\u00f6rleri aras\u0131nda ba\u015fl\u0131ca hepatit B vir\u00fcs\u00fc (HBV)\/hepatit C vir\u00fcs\u00fc (HCV) enfeksiyonu, uzun s\u00fcreli a\u015f\u0131r\u0131 alkol t\u00fcketimi, Aspergillus flavus ile kontamine olmu\u015f g\u0131da t\u00fcketimi, \u00e7e\u015fitli nedenlerden kaynaklanan karaci\u011fer sirozu ve ailede hepatosel\u00fcler karsinom \u00f6yk\u00fcs\u00fc yer almaktad\u0131r. Hepatosel\u00fcler karsinomun erken te\u015fhisi genellikle klinik uygulamada yayg\u0131n olarak kullan\u0131lan biyobelirte\u00e7lere dayan\u0131r. Biyobelirte\u00e7ler \u00e7o\u011funlukla serum, plazma, dokulardaki mikroRNA'lar, mutasyona u\u011fram\u0131\u015f genler, proteinler vb. kaynakl\u0131d\u0131r. Karaci\u011fer kanseri te\u015fhisi konulan bir\u00e7ok hasta genellikle ge\u00e7 rezeke edilemeyen evrededir. Palyatif tedaviden sonra, medyan sa\u011fkal\u0131m s\u00fcresi sadece 6-12 ayd\u0131r ve 5 y\u0131ll\u0131k sa\u011fkal\u0131m oran\u0131 sadece 10%'dir. Bu nedenle, karaci\u011fer kanserinin temel patojenik genlerinin taranmas\u0131, karaci\u011fer kanserli hastalarda erken tan\u0131 ve karaci\u011fer kanseri prognozunun analizi i\u00e7in \u00f6nemli klinik \u00f6neme sahiptir.<\/p>\n
Y\u00fcksek verimli dizileme teknolojisinin h\u0131zl\u0131 geli\u015fimi, biyomedikal biliminin ara\u015ft\u0131rma modunu de\u011fi\u015ftirmi\u015ftir. Gen dizilimi, t\u00fcm\u00f6rlerin patogenezi gibi t\u00fcm\u00f6r biyolojisi konular\u0131nda yeni bir anlay\u0131\u015f sa\u011flar ve t\u00fcm\u00f6rlerin te\u015fhisi, prognozu ve tedavi se\u00e7imi i\u00e7in \u00f6nemli referans de\u011ferine sahiptir. Biyoinformatik algoritmalar, y\u00fcksek verimli omik verilerin i\u015flenmesi i\u00e7in \u00e7ok \u00f6nemlidir. Bu \u00e7al\u0131\u015fma, y\u00fcksek verimli gen \u00e7ipi veri madencili\u011fini ba\u015flang\u0131\u00e7 noktas\u0131 olarak almakta, biyoinformatik algoritma bilgisini tan\u0131tmakta, GEO veri taban\u0131ndan karaci\u011fer kanseri ile ilgili veri k\u00fcmelerini elde etmekte ve karaci\u011fer kanseri dokusu ile normal karaci\u011fer dokusu aras\u0131nda diferansiyel olarak ifade edilen genleri analiz etmektedir. Diferansiyel olarak ifade edilen genlerden karaci\u011fer kanserinin anahtar patojenik genlerini daha fazla taramak, anahtar genlerin biyolojik i\u015flevlerini ve sinyal yolaklar\u0131na, mutasyonlara, imm\u00fcn infiltrasyona kat\u0131l\u0131mlar\u0131n\u0131 ve klinik prognoz \u00fczerindeki etkilerini ara\u015ft\u0131rmak ve karaci\u011fer kanserinin tedavisi i\u00e7in potansiyel geleneksel \u00c7in ila\u00e7lar\u0131n\u0131 daha fazla taramak, karaci\u011fer kanserinin klinik te\u015fhisi, tedavisi ve prognoz karar\u0131 i\u00e7in teorik referans ve bilimsel temel sa\u011flamay\u0131 ama\u00e7lamaktad\u0131r.<\/p>\n
<\/p>\n
Karaci\u011fer kanseri d\u00fcnya \u00e7ap\u0131nda en yayg\u0131n kanserlerden biridir ve her y\u0131l yakla\u015f\u0131k 840000 ki\u015fi bu hastal\u0131\u011fa yakalanmakta ve en az 780000 ki\u015fi bu nedenle hayat\u0131n\u0131 kaybetmektedir. \u00c7in, hepatitin yayg\u0131n oldu\u011fu b\u00fcy\u00fck bir \u00fclkedir. Hepatit g\u00f6r\u00fclme oran\u0131ndaki art\u0131\u015f karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131n\u0131n say\u0131s\u0131n\u0131 da art\u0131rm\u0131\u015ft\u0131r. D\u00fcnyadaki karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131n\u0131n yakla\u015f\u0131k 50%'si \u00c7in'den gelmektedir. \u015eu anda, erken karaci\u011fer kanserinin tedavisi esas olarak cerrahi rezeksiyon, radyofrekans ablasyonu ve karaci\u011fer naklini i\u00e7ermektedir. Orta evrede genellikle cerrahi, radyofrekans ablasyonu, hedefe y\u00f6nelik tedavi, imm\u00fcnoterapi ve kemoterapi gibi \u00e7e\u015fitli y\u00f6ntemlerin bir kombinasyonu kullan\u0131l\u0131r; ge\u00e7 evrede ise \u00e7o\u011funlukla destekleyici tedavi benimsenir. Karaci\u011fer kanseri, n\u00fcks oran\u0131 \u00e7ok y\u00fcksek olan k\u00f6t\u00fc huylu bir t\u00fcm\u00f6rd\u00fcr. Cerrahi rezeksiyon gibi radikal tedavi y\u00f6ntemleri ile 5 y\u0131l i\u00e7inde n\u00fcks oran\u0131 hala 77% kadar y\u00fcksektir. Bu nedenle, geleneksel \u00c7in ve Bat\u0131 t\u0131bb\u0131 ve geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 kombinasyonu ile klinik tedavi d\u00fc\u015f\u00fcn\u00fclebilir. Geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131n\u0131n karaci\u011fer kanseri i\u00e7in \u00f6zel bir terimi yoktur. Belirtilerine dayanarak, genellikle \"sendrom farkl\u0131la\u015fmas\u0131\", \"karaci\u011fer birikimi\", \"sar\u0131l\u0131k\" ve \"\u015fi\u015fme\" gibi bir hastal\u0131k kategorisi olarak s\u0131n\u0131fland\u0131r\u0131l\u0131r. Karaci\u011fer kanserinin geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 ile tedavisi, geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 bile\u015fi\u011finin tedavisini, birim \u00c7in t\u0131bb\u0131 \/ geleneksel \u00c7in patentli ila\u00e7lar\u0131n ve basit preparatlar\u0131n tedavisinin yan\u0131 s\u0131ra akupunktur ve yak\u0131 ve akupunktur noktas\u0131 uygulamas\u0131 gibi harici tedaviyi i\u00e7erir; Geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 ve Bat\u0131 t\u0131bb\u0131n\u0131n kombinasyonu, komplikasyonlar\u0131 azaltmak, yan etkileri hafifletmek ve t\u00fcm\u00f6r n\u00fcks\u00fcn\u00fc ve metastaz\u0131 geciktirmek i\u00e7in esas olarak cerrahi tedavi ile birlikte geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131n\u0131, radyofrekans ablasyonu ile birlikte geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131n\u0131, hedefe y\u00f6nelik tedavi ile birlikte geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131n\u0131 ve kemoterapi ile birlikte geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131n\u0131 i\u00e7erir. Bu makale, biyoinformatikle ilgili bilgileri kullanarak, patojenik anahtar genlerini \u00e7\u0131kararak ve karaci\u011fer kanseri prognozunda anahtar genlerin \u00f6nemini analiz ederek molek\u00fcler mekanizma seviyesinden karaci\u011fer kanseri \u00e7ip veri setini analiz etmektedir. Ayr\u0131ca, karaci\u011fer kanserini tedavi etmek i\u00e7in potansiyel geleneksel \u00c7in ila\u00e7lar\u0131 anahtar gen taramas\u0131 yoluyla taranmaktad\u0131r. Bu \u00e7al\u0131\u015fma, karaci\u011fer kanserinin ay\u0131r\u0131c\u0131 tan\u0131s\u0131, prognozu ve tedavisi i\u00e7in bilimsel temel ve referans sa\u011flamay\u0131 ama\u00e7lamaktad\u0131r.<\/p>\n
GO fonksiyonel ve KEGG yol zenginle\u015ftirme analizi, farkl\u0131 \u015fekilde ifade edilen genlerin esas olarak p53, mTOR, ErbB vb. sinyal yollar\u0131n\u0131 i\u00e7eren ba\u011f\u0131\u015f\u0131kl\u0131k tepkisi, enflamatuar tepki ve h\u00fccre yap\u0131\u015fmas\u0131 gibi biyolojik s\u00fcre\u00e7lerde yer ald\u0131\u011f\u0131n\u0131 ortaya koymu\u015ftur. Ara\u015ft\u0131rmalar, t\u00fcm\u00f6r testis antijeni ve Sal benzeri protein 4 ile spesifik T h\u00fccreleri aras\u0131ndaki reaksiyonun erken karaci\u011fer kanserinin kontrol\u00fcnde \u00f6nemli bir rol oynayabilece\u011fini g\u00f6stermi\u015ftir; Karaci\u011ferde n\u00fckleotid de ba\u011flay\u0131c\u0131 oligomerizasyon alan\u0131 2'nin silinmesi, iltihaplanma, DNA hasar\u0131 ve genomik karars\u0131zl\u0131k yoluyla karaci\u011fer kanserinin olu\u015fumunu ind\u00fckleyebilir; NK h\u00fccrelerinden t\u00fcretilen interferon - \u03b3, HBV transgenik farelerde epitelyal h\u00fccre yap\u0131\u015fma molek\u00fcl\u00fc epitelyal mezenkimal ge\u00e7i\u015f s\u00fcreci yoluyla karaci\u011fer kanserinin olu\u015fumunu te\u015fvik edebilir; Ek olarak, \u00e7al\u0131\u015fmalar miR-621'in p53 sinyal yolunu aktive ederek karaci\u011fer kanseri h\u00fccrelerinin radyosensitivitesini art\u0131rabilece\u011fini g\u00f6stermi\u015ftir; Y\u00fcksek oranda ifade edilen proteozom aktivite alt birimi 4, mTOR sinyal yolu arac\u0131l\u0131\u011f\u0131yla karaci\u011fer kanseri h\u00fccrelerinin \u00e7o\u011falmas\u0131n\u0131 te\u015fvik edebilir; Epitelyal V benzeri antijen 1, ErbB3-PI3K sinyal yolunu yukar\u0131 do\u011fru d\u00fczenleyebilir, b\u00f6ylece karaci\u011fer kanserinin ilerlemesini ve metastaz\u0131n\u0131 te\u015fvik edebilir.<\/p>\n
Protein etkile\u015fim analizi, karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda y\u00fcksek oranda ifade edilen 10 anahtar geni tan\u0131mlam\u0131\u015ft\u0131r: CDC20 CCNB2\u3001CCNB1\u3001BUB1\u3001BIRC5\u3001AURKA\u3001TOP2A\u3001NCAPH\u3001CDK1\u3002 Bu 10 anahtar genin prognostik analizi, anahtar genlerin y\u00fcksek ifade grubunun karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131n\u0131n genel sa\u011fkal\u0131m\u0131n\u0131 \u00f6nemli \u00f6l\u00e7\u00fcde azaltt\u0131\u011f\u0131n\u0131 ortaya koymu\u015ftur, ve bu anahtar genler karaci\u011fer kanserinin patolojik analiz sonu\u00e7lar\u0131 ile pozitif korelasyon g\u00f6stermi\u015ftir. Ara\u015ft\u0131rmalar, karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda CDC20 ekspresyonunun normal dokulardakinden daha y\u00fcksek oldu\u011funu (P<0.05) ve CDC20 ekspresyonu y\u00fcksek olan karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131n\u0131n daha d\u00fc\u015f\u00fck genel sa\u011fkal\u0131m oran\u0131na sahip oldu\u011funu g\u00f6stermi\u015ftir; Ara\u015ft\u0131rmalar, y\u00fcksek CCNB2 seviyelerine sahip karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131n\u0131n, d\u00fc\u015f\u00fck CCNB2 seviyelerine sahip olanlara k\u0131yasla daha k\u0131sa 5 y\u0131ll\u0131k genel sa\u011fkal\u0131m ve hastal\u0131ks\u0131z sa\u011fkal\u0131ma sahip oldu\u011funu g\u00f6stermi\u015ftir; Di\u011fer \u00e7al\u0131\u015fmalar, karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda daha y\u00fcksek BUB1B seviyelerinin tespit edilebilece\u011fini ve BUB1B'nin a\u015f\u0131r\u0131 ekspresyonunun olumsuz klinik ve patolojik belirtilerle pozitif ili\u015fkili oldu\u011funu g\u00f6stermi\u015ftir.<\/p>\n
Daha ileri ifade do\u011frulamas\u0131 ve 10 anahtar genin mutasyon analizi, karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda y\u00fcksek oranda ifade edildiklerini, CDC20, CCNB1, TOP2A ve NCAPH protein ifade seviyelerinin karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda de\u011fi\u015fen derecelerde artt\u0131\u011f\u0131n\u0131 ortaya koymu\u015ftur; Ayr\u0131ca, karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda anahtar genlerde belirli bir derecede mutasyon vard\u0131r ve bu mutasyona u\u011fram\u0131\u015f anahtar geni ta\u015f\u0131yan karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131 daha k\u00f6t\u00fc bir prognoza sahiptir. Anahtar genlerin imm\u00fcn h\u00fccre infiltrasyon analizi, anahtar genlerin ifadesinin B h\u00fccreleri, CD8+T h\u00fccreleri, CD4+T h\u00fccreleri, makrofajlar, n\u00f6trofiller ve dendritik h\u00fccrelerin infiltrasyon derecesi ile pozitif korelasyon g\u00f6sterdi\u011fini ortaya koymu\u015ftur. Yang Gang ve arkada\u015flar\u0131 karaci\u011fer kanseri dokular\u0131nda CDC20'nin protein ekspresyon seviyesini tespit etmek i\u00e7in imm\u00fcnohistokimya kullanm\u0131\u015f ve sonu\u00e7lar hepatosel\u00fcler karsinom \u00f6rneklerinin 59.2%'sinde CDC20'nin y\u00fcksek ekspresyonunun g\u00f6zlendi\u011fini g\u00f6stermi\u015ftir. Rong Min Hua ve arkada\u015flar\u0131, CCNB1'in mRNA ve proteininin hepatosel\u00fcler karsinom dokular\u0131nda a\u015f\u0131r\u0131 eksprese edildi\u011fini ve CCNB1'in DNA replikasyonunu d\u00fczenleyerek HCC'nin h\u00fccre d\u00f6ng\u00fcs\u00fcne kat\u0131labilece\u011fini bulmu\u015flard\u0131r. Bu sonu\u00e7lar, bu makalede tahmin edilen sonu\u00e7lar\u0131n iyi bir g\u00fcvenilirli\u011fe ve do\u011frulu\u011fa sahip oldu\u011funu g\u00f6stermektedir.<\/p>\n
Potansiyel terap\u00f6tik ila\u00e7lar\u0131n tarama sonu\u00e7lar\u0131, CCNB1, BIRC5, CDK1 ve CDC20'nin \u00e7ok say\u0131da geleneksel \u00c7in ilac\u0131n\u0131 tarad\u0131\u011f\u0131n\u0131 ve CDK1, CCNB1, BIRC5 ve TOP2A'n\u0131n \u00e7ok say\u0131da potansiyel do\u011fal terap\u00f6tik bile\u015feni ba\u011flad\u0131\u011f\u0131n\u0131 buldu. CDK1, CCNB1 ve BIRC5 ila\u00e7 tedavisi i\u00e7in evrensel hedefler olabilir. Artemisia annua, havl\u0131can ve k\u0131\u015f otu 2-3 anahtar gen \u00fczerinde etkili olabilir ve karaci\u011fer kanserini tedavi etmek i\u00e7in potansiyel geleneksel \u00c7in ila\u00e7lar\u0131d\u0131r. Ara\u015ft\u0131rmalar, artemisinin, EGFR gibi \u00e7e\u015fitli yolaklar arac\u0131l\u0131\u011f\u0131yla karaci\u011fer kanseri h\u00fccrelerinin \u00e7o\u011falmas\u0131n\u0131, apoptozunu ve anjiyogenezini d\u00fczenleyebilen Artemisia annua'daki aktif bile\u015fen oldu\u011funu g\u00f6stermi\u015ftir; Havl\u0131can\u0131n etkili bile\u015feni, endoplazmik retikulum stresi ve mitokondriyal ba\u011f\u0131ml\u0131 apoptoz yoluyla hepatosel\u00fcler karsinomu \u00f6nleyebilen galangindir; K\u0131\u015f otu, AKT yolunu hedefleyerek karaci\u011fer kanserinin sorafenib antikanser etkilerine duyarl\u0131l\u0131\u011f\u0131n\u0131 art\u0131rabilir. Geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 teorisine g\u00f6re, hepatosel\u00fcler karsinomun ana patogenezi \"kan staz\u0131\", \"toksisite\" ve \"eksiklik \"tir. Geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131, v\u00fccudu desteklemede, k\u00f6t\u00fcl\u00fc\u011f\u00fc ortadan kald\u0131rmada, toksinlere sald\u0131rmada ve molek\u00fcler d\u00fczeyde kanserle sava\u015fmada rol oynar ve v\u00fccutta yin ve yang aras\u0131nda bir denge durumu sa\u011flar. Geleneksel Bat\u0131 t\u0131bb\u0131 tedavisi ile kar\u015f\u0131la\u015ft\u0131r\u0131ld\u0131\u011f\u0131nda, geleneksel \u00c7in t\u0131bb\u0131 hepatosel\u00fcler karsinom tedavisinde k\u00fc\u00e7\u00fck yan etkiler, d\u00fc\u015f\u00fck advers reaksiyon insidans\u0131, yava\u015f t\u00fcm\u00f6r b\u00fcy\u00fcmesi, azalm\u0131\u015f n\u00fcks ve metastaz, hastalar i\u00e7in iyile\u015ftirilmi\u015f ya\u015fam kalitesi ve uzun s\u00fcreli sa\u011fkal\u0131m d\u00f6ng\u00fcs\u00fc ile yans\u0131t\u0131lan potansiyel avantajlara sahiptir.<\/p>\n
\u00d6zetle, bu \u00e7al\u0131\u015fmada karaci\u011fer kanserinin olu\u015fumu ve geli\u015fiminin birden fazla gen, yolak ve fonksiyonun \u00f6zelliklerine sahip oldu\u011fu bulunmu\u015ftur. Karaci\u011fer kanseri patogenezi i\u00e7in toplam 10 anahtar gen taranm\u0131\u015f ve elde edilmi\u015ftir; Bu genlerin ve protein \u00fcr\u00fcnlerinin ekspresyon seviyeleri karaci\u011fer kanseri hastalar\u0131nda y\u00fckselmi\u015ftir ve karaci\u011fer kanserinin k\u00f6t\u00fc prognozu ve imm\u00fcn h\u00fccre infiltrasyonunun derecesi ile yak\u0131ndan ili\u015fkilidir; Daha ileri ara\u015ft\u0131rmalar, artemisia annua, havl\u0131can ve k\u0131\u015f otu dahil olmak \u00fczere karaci\u011fer kanserinin hedefe y\u00f6nelik tedavisi i\u00e7in 36 potansiyel geleneksel \u00c7in ilac\u0131n\u0131n yan\u0131 s\u0131ra 105 do\u011fal aktif bile\u015feni ortaya \u00e7\u0131karm\u0131\u015ft\u0131r. Bu makalenin ara\u015ft\u0131rma sonu\u00e7lar\u0131, karaci\u011fer kanserinin klinik te\u015fhisi, prognoz de\u011ferlendirmesi ve ilgili tedavisi i\u00e7in bilimsel temel sa\u011flayabilir.<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Bioinformatics study on clinical prognosis of liver cancer and targeted therapy with traditional Chinese medicine based on screening of key pathogenic genes Primary liver cancer is the third leading cause of cancer-related deaths worldwide, and hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common type of primary liver cancer. Its risk factors mainly include hepatitis B virus […]<\/p>","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[20],"tags":[],"yoast_head":"\n